Nachdem ich jetzt noch ein anderes neues Board da hatte (Gigabyte Z97X) bei dem die SSD den gleichen sporadischen Erkennungsfehler zeigte bin ich drauf gekommen das es doch an der SSD liegen könnte. Nach ein bißchen googlen hab ich herausgefunden, dass scheinbar der Intel Haswell Chipsatz Probleme mit den alten SSD Controllern (bei mir JMicron) hat, weil die den SATA-Standard nicht voll unterstützen.
Siehe auch
hier und
hier.
Ärgerlich, da die SSD damals über 200€ gekostet hat und ja immernoch gut funktioniert.
Jetzt hab ich eine neue SSD. Mit der läufts