Du solltest mal etwas genauer werden.
Welcher Lesefehler kommt - wenn Du versuchst von dem Raid zu booten? Gleich am Anfang - oder irgendwann mitten drin?
Vermutlich kommt Dein Board bei der Boot Reihenfolge durcheinander.
Du willst also erstmal von der alten Platte booten - und das Raid soll nur mitlaufen?
Das Board hat soweit ich sehen kann 4 SATA Anschlüsse. Diese werden scheinbar alle über ein und demselben Controller geregelt. Somit muss man über das Handbuch heraus finden, was man genau bei der Boot Reihenfolge einstellen muss, damit er auch von der richtigen HDD startet. Leider lahmt die Website von Gigabyte gerade etwas, und ich habe leider momentan nicht viel Zeit.
Ansonsten vermute ich mal, dass bei der Windows Intstallation ja vom CD/DVD Laufwerk gestartet wird - und er dabei Probleme bekommt, das die Reihenfolge durcheinander gerät. Es kann aber auch sein, dass Du bei der Installation per F6 Taste die Treiber einspielen musst. Dies ist aber nur dann der Fall, wenn er die HDD (das Raid) beim Windows Setup sonst gar nicht findet.
Leider kenne ich jetzt die möglichen Auswahlen bei den Boot Devices nicht. Ich kann Dir also nur mal empfehlen, die einfach mal durchzutesten, um zu sehen wann er von der Single HDD und wann er vom Raid bootet.
Ansosnten beschreibt das Raid Manual (englisch) von Gigabyte die Installationsprozedur und alle zu beachtenden Schritte sehr gut:
http://asia.giga-byte.com/MotherBoar..._nforce3_e.pdf