Gehe ich recht der Annahme, das du schon von der USB-Platte booten kannst, aber nicht auswählen kannst, welches Windows du nutzen willst?
Du könntest im Bios maximal einstellen, das als erstes auf USB-HDD nach BS geschaut werden soll, dann auf IDE/SATA-Festplatte, und wenn du von der USB-Platte booten willst, diese anschließen, und wenn nicht, halt abgeschlossen lassen! <<Sorry dafür, hab selber gerade noch mal deine Frage gelesen!
Per Bootmanager müsste ich evtl. selber noch mal suchen, ob etwas derartiges möglich ist(kann ich mir mittlerweile schwer vorstellen, da ich schon irgendwie 2 Stunden im Internet nach Lösungen suche).
(Falls du nicht von der USB-Platte booten kannst(schon das scheint ja ein fast unmögliches Unterfangen zu sein), hier ein Link:
Link (ist leider chip.de, da bin ich schon immer etwas misstrauisch))
Mit freundlichen Grüßen
Neosoul