Meinst du mit Windows Update ein ganz normalen online Update oder hast du deine Windows Version geupdated (z.B. Win 2000 auf XP oder so)?
Ähm wenn du schon sagst du hast fixmbr und fixboot ausgeführt...hast du denn auch mal versucht chkdsk auszuführen? Falls nicht könnte das mal sehr vielversprechend sein