Lass mich raten:
Aufgrund von irgendwelchen Daten ist es Dir nicht möglich im Zuge des Windows-Setups die entsprechenden Partitionen mal zu killen und komplett neu anzulegen, oder doch...?
Hast Du vielleicht mal mit irgendwelchen anderen OS´en rumgespielt die ggf an den MFTs/MBRs rumefuscht haben könnten?