Es sollte normalerweise bei sauberer Programmierung keine Probleme geben.
Da ja alle wichtigen Ordner und Speicherorte auch einfach per Variablen abgefragt werden können.
z.B. %WINDIR% im Explorer oder in der Kommandozeile eingegeben verweist immer auf das aktuelle Windowsverzeichnis also von dem Windows welches gerade gestartet ist.
Und da gibts es etliche Variablen wie %TEMP% usw. mit fest einprogrammierten Pfaden arbeiten vermutlich nur noch wenige Programme.
Fall es interessiert hier eine Übersicht der vordefinierten Variablen:
https://de.wikipedia.org/wiki/Umgebu...ngsvariablen_2