Bei AMD weiß ich es nicht, aber bei Intel gibts schon ewig keine nativen PCI mehr, da gehts über Bridgechips.
Hab noch ein paar alte PCI-Controllerkarten mit IDE-Schnittstellen die ich ab und zu mal brauche, sowie eine Parallel-Karte
Auf PCIe-Varianten sind oftmals andere Chips verbaut die eben nicht mit jedem Gerät laufen.