f@h: Projekt Gentoo@Sun VirtualBox

_Smash_ · 08.10.2009, 17:12

Ich habe 2 Theorien.
1. Du hast keine Verbindung ins Internet.
2. FAH legt keinen Ordner im Homeverzeichnis ab, sondern legt seine Daten da hin, wo man ausführt. Bitte versuche das mal als root zu starten.

Raffnix · 08.10.2009, 18:04

Könnte es auch an den Schreibrechten für den Ordner liegen?

chrisr15 · 08.10.2009, 18:32

Für SMP:

wget http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/release/FAH6.24beta-Linux.tgz
tar xzf FAH6.24beta-Linux.tgz
./fah6 -smp -verbosity 9

_Smash_ · 08.10.2009, 19:29

Zitat:

Zitat von Raffnix

Könnte es auch an den Schreibrechten für den Ordner liegen?

Was ich dann unter Punkt 2 geschrieben hätte...

Zitat:

Zitat von Chriss15

Für SMP:

wget http://www.stanford.edu/group/pandeg...beta-Linux.tgz
tar xzf FAH6.24beta-Linux.tgz
./fah6 -smp -verbosity 9

Wenn dann bitte selbst kompilieren mit den CFLAGS des Systems. Denn wenn das Programm dann doch wieder ein fertiges Binary ist nützt der ganze Unterbau nen feuchten Lehm.

Raffnix · 08.10.2009, 20:25

Zitat:

Zitat von _Smash_

Was ich dann unter Punkt 2 geschrieben hätte...

Hehe, was mir jetzt aber nicht soviel sagt...

chrisr15 · 08.10.2009, 21:15

Gromacs und MPICH kompilieren - lange, lange ist es her - werde es morgen versuchen....

**Uwe64LE** · 08.10.2009, 21:39

OK, als root komme ich schon mal einen Schritt weiter.
Ich bin jetzt aus der Anmeldeschleife raus, komme jedoch momentan nicht auf den Stanford Server.
Das ist aber nichts Ungewöhnliches, das passiert öfter mal. Allerdings hab ich noch nie bewußt eine Fehlermeldung "Could not v3 HTTP Open" wahr genommen.

http://www.tweakpc.de/forum/members/...92-gentoo5.jpg

Ich lasse die VM jetzt einfach mal eine Weile laufen. Mal sehen, ob der Fehler in den Einstellungen der VirtualBox oder beim Server liegt.

EoN · 08.10.2009, 21:50

Schau doch mal ob Du google.de anpingen kannst. Dann weißt Du zumindest, dass Du ins Internet kommst und der Fehler bei den Folding-Servern liegen muss.

**Uwe64LE** · 08.10.2009, 22:04

unknown host

Bei VMware hätte ich jetzt den Netzwerkadapter mal von NAT auf bridged oder andersrum gesetzt. Bei sun muss ich jetzt suchen oder bekomme gleich einen Tipp.

*Nachtrag*
Netzwerk steht auf host-only und ich finde nichts, wo ich das umstellen kann.

*Nachtrag2*
OK, die Maschine muss aus sein, dann kann man das Netzwerk umstellen. (Geht bei VMware auch im laufenden Betrieb.)
Hab jetzt den VirtualBox Host-only Adapter und meinen benutzten WLAN Adapter im Windows überbrückt und in der Box auf bridge gestellt:
Geht auch nicht.

*Nachtrag3*
Brücke wieder entfernt. Netzwerk in der Box auf NAT gestellt. Nun gehts.

_Smash_ · 09.10.2009, 05:50

Du kannst folden?

**Uwe64LE** · 09.10.2009, 09:43

Ja, es funktioniert nun. Netzwerk muss auf NAT gestellt werden.
Scheinbar aber leider etwas langsam. Ich brauch im Moment 20 Min für einen Prozentpunkt. Kann aber auch an der WU liegen.

@chris
Kannst du die Aussage

Zitat:

Geschwindigkeitssteigerung gegenüber Xubuntu-/Debian-VM konnte ich leider keine feststellen

mal konkretisieren?
Kommt das hin mit 20Min/frame?

chrisr15 · 09.10.2009, 13:45

Ich liege mit meinem X2 5000+BE @3,1GHz bei unter 15 Minuten - aber mit dem selbstinstallierten SMP.

**Uwe64LE** · 13.10.2009, 00:37

Ich lag heute mit einer neuen WU bei 15 bis 17 Minuten, was ja wenigstens besser als mit dem Windows client ist.
Der große Vorteil von Sun VB gegenüber VMWare liegt jedoch in der Nutzung von mehr als 2 Kernen.
Also hab ich einfach mal 4 Kerne eingestellt und nun komme ich mit meinem X4 905e auf 7 bis 8 Minuten/frame.
Das würde etwa 3600 PPD entsprechen.

Für jemanden, der den Aufwand scheut, 2 mal VMWare zu starten, wäre das eine Alternative- aber leider auch etwas weniger PPD.
Mit 2 man debian@VM bin ich auf 4100 bis 4200 PPD gekommen.

_Smash_ · 13.10.2009, 06:03

Hast du mal 2 VBoxen mit 2 Kernen versucht?
Das was du gerade verwendest ist ein generischer Kernel. Man könnte auch mal schauen, was ein core2 Kernel bringt.

Oder lohnt sich der Aufwand nicht?

**Uwe64LE** · 13.10.2009, 11:12

2 VBoxen mit 2 Kernen würde ich nur mal testweise laufen lassen. Für Dauerbetrieb ist das bei mir genau so wenig geeignet wie 2 mal VMWare.
Diese 2x2 Geschichte hatte ich nur laufen, als ich keine Grafikkarte drin hatte. Im Moment ist bei mir die erfolgreichste Variante 1 x GPU und 1 x Linux SMP in einer VM oder VB mit 2 Kernen.

Dann kann man auch unabhängig vom Folden noch flüssig arbeiten. Sonst müßte man die Prioritäten verändern.

Die VBox bietet ja noch eine weitere Möglichkeit, die ich gestern abend mal noch ausprobiert habe- sozusagen der goldene Mittelweg. Der client läuft auch auf 3 Kernen.

Ob sich der Aufwand lohnt, mußt du selber entscheiden, da ich nicht weiß, ob das eher Spaß und Befriedigung für dich ist oder eher Arbeit macht.
Falls du aber noch was umstrickst, würde ich mir eher einen AMD Kernel wünschen.
Außerdem eine Möglichkeit, wie man mit FahMon auf die VBox zugreifen kann, damit die Ergebnisse angezeigt werden.

Leider zeigt im Moment aber außer mir keiner so richtig Interesse an der Sache.
Du würdest dir die Mühe also nur für meinen Dank und meine Wertschätzung machen.

_Smash_ · 14.10.2009, 11:52

Hallo,

eine reine Intel Core 2 VM bin ich gerade am machen.
Mit AMD muss ich mal schauen, ob ich das auf einem Intelsystem gebaut bekomme.

Was für Vorraussetzungen müssen bestehen um fahmon anwenden zu können?

chrisr15 · 14.10.2009, 19:01

Zitat:

Was für Vorraussetzungen müssen bestehen um fahmon anwenden zu können?

Da Fahmon auf dem Windows laufen würde, müsste man nur den Ordner, in welchem sich die FAHlog.txt befindet freigeben können.

_Smash_ · 15.10.2009, 08:37

Und die befindet sich wo?

**Uwe64LE** · 15.10.2009, 18:29

Die Frage kann ich zwar nicht beantworten, aber noch etwas motivieren.

Die SunVB ist total geil gerade für Leute mit nem Quad bzw. X4. Bei Bedarf kann man
easy zwischen 2, 3 oder 4 Kernen umschalten (client kurz runterfahren).
Im Moment läuft Gentoo bei mir auf 3 Kernen und benötigt ~11 bis 12 Min/frame.
So hat man mehr power für´s Folden als bei 2 Kernen und belastet das System nicht so sehr wie mit 4 Kernen.

Die Beschränkung auf 2 Kerne bei VMWare ist völlig unzeitgemäß.

_Smash_ · 15.10.2009, 20:35

Hab alle Infos zusammen. Samba Server installiert gerade, System läuft auf Intel Kernel mit Core2 Compilerflags.
Habe auch ein einfaches "Aufrufskript" geschrieben, was man als der normale Nutzer aufruft und er dann mit der Einstellung -smp (Multicore) und -forceasm (Assemblercode nehmen, wo möglich / Dachte das hört sich schnell an

. Wenns Müll ist einfach rausnehmen, oder mir sagen, dann nehm ichs raus.) startet.

Werde die VM dann exportieren und hochladen und gleichzeitig daraus dann die AMD VM forken.

Wenn du irgendwelche Zusatzparameter mitgibst, dann kannst du mir die noch sagen, dann schreibe ich sie gleich ins Skript, dann brauchst du nur noch einloggen und ./start_folding eingeben und gut.

----------

http://www.smash-net.org/vm/fah_screen.jpg
Demo...

**Uwe64LE** · 15.10.2009, 21:38

Na du bist ja richtig fleißig. Als Parameter könntest du noch "-verbosity 9" einbauen.

Übrigens steht unten links bei smb://... nur folingathome (d fehlt).
Da hast du ja die FAHlog.txt selbst gefunden.

Bin ab morgen früh wieder ne Woche auf Tour, kann also erst nächstes WE wieder testen.

_Smash_ · 15.10.2009, 21:41

Bis dahin hab ich dann auch die AMD VM fertig. Hoffentlich.

_Smash_ · 18.10.2009, 10:08

So deinen Paramater habe ich noch eingebaut und der Typo ist auch korrigiert

.
Die AMD VM hat sogar mit AMD Flags kompiliert, bis auf den gcc (Kompiler), den hat das wohl irgendwie gestört, daß er auf der falschen CPU läuft, aber da du eh vermutlich nur foldest, sollte das nix machen.
Also einfach mal ausprobieren.

Die Intel VM ist für Core2 CPUs gebaut und die AMD für Phenoms und Familiengleiche. Wenn du da was anderes hast muss ich das nochmal korrigieren.

Hier sind die Links:

http://www.smash-net.org/vm/Gentoo_FAH_Intel.tar.gz
http://www.smash-net.org/vm/Gentoo_FAH_AMD.tar.gz

**Uwe64LE** · 18.10.2009, 12:29

Na da werde ich doch nächstes WE gleich beide ausprobieren.

_Smash_ · 18.10.2009, 16:48

K, ich warte auf dein Feedback

.