Kommt drauf an. Wenn sie in einem RAID-Verbund waren, kanns Schwierigkeiten geben (es sei denn Du nimmst den Controller mit, wenn er als Steckkarte verwendet wurde). Ansonsten wirst, wenn es ein RAID war alles platt machen müssen weil die Festplatten warscheinlich sonst nicht mehr erkannt werden.
Falls es kein RAID war, dann kannst die einfach an das neue System dranstöpseln. Die sollten dann auch gleich funktionieren und alles noch da sein, was vorher drauf war. Was das Windows allerdings dazu sagt, wenn Du ihm einfach das System unterm Hintern weg veränderst, kann man schwer sagen. Das kann von "kein Problem, es sucht beim erstens Start die Treiber neu zusammen und geht dann wieder problemlos" über "es will neu aktiviert werden" bis hin zu "blue/black Screen beim booten" alles passieren. Das muß man ausprobieren. Ich persönlich würde das Windows dann neu installieren wenn ich das System ändere. Ist einfach die sauberste Lösung und man hat dann nicht mit Merkwürdigkeiten zu kämpfen. (auch wenn jetzt bestimmt einer ankommt und sagt, das es bei ihm schon 3x so geklappt hat
)