Das hat mit den Partitionen nichts zu tun. PAE ist eine Fähigkeit von Intel Prozessoren, um mehr als die üblichen 4GB RAM ansprechen zu können.
Du könntest mal schauen, ob in deiner boot.ini (normalerweise auf der C: - Partition) der Parameter /PAE gesetzt ist.
Es ändert normalerweise aber nichts an der Leistung, wenn du es aktiviert lässt.
Gruss Speedy
/edit: Kannst ja mal hier nachlesen:
http://www.heise.de/ct/05/05/096/