das beste Board für S939 ist ein DFI NF4 SLI-DR, allenfalls ein ABIT AN8 SLI kann da mithalten, aber ich würde beide nicht nehmen. Bei dem Budget und deiner Anforderung auch "später" noch so viel HDD verwalten zu können, solltest du definitiv in Serverhardware investieren.
Ein Board mit NF Professional mit Tyan ist imo viel sinnvoller, dazu 2 schicke Optis und einige Gigabyte RAMs. Das System wird dir sehr sehr lange keine Probleme machen und auch ewig große Archive problemlos verwalten/öffnen können
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Hier mal, was ich empfehlen würde aus Geizhals mal geguckt:
CPUs:
2x Opteron 280 Sockel 940 Boxed ~ 2000€
Tyan Thunder K8WE S940 Mobo ~ 600€
8GB Infineon DDR ECC RAM ~ 2240€
so das Grundgerüst macht dann schon mal 4840€
das Board hat 2 16x PCIe und kann denke ich mal auch SLI, daher würde ich da nix anderes als das hier nehmen
2x XFX 7800GTX 512 XXX Edition ~ 1300€
--> da aber diese Karten nicht verfügbar sind, würde ich auf die GF7900 im kommenden Monat warten und das System mit ner "Übergangskarte" a la X1900XTX füttern
Summe: ~ 6140€
So zu den HDDs + RAID Controller kann ich leider nicht so viel sagen, außer dass es schon RAID5 sein sollte und möglichst nen Hardware PCI-X Controller. Wenn der Rechner 24/7 läuft sind eventuell auch SCSI Festplatten nicht verkehrt, ich traue SATA/IDE da nicht besonders
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Das Budget reicht aber sicher dicke für weiteres nettes Zeug. Wenn Lust und Zeit vorhanden ist, würde ich auch eine 2 Kreislauf-Wakü mit je nem Triple-Radi für CPUs und Grakas in Betracht ziehen. Alternativ auch 2 Kompküs für die CPUs
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Der Preis oben dürfte variieren, da ich nicht auf Deutschland geswitcht habe und außerdem sollten die neuen GF7900er Grakas wohl noch etwas teurer werden. Aber ich empfehlen defintiv eine GF7900GTX SLI zu nehmen, weil eine GF7900GTX sicherlich schneller als 2x7800GT sein wird und damit auch schneller als die von dir geplante ASUS Karte (bei der ich mich noch frage, woher du 2 bekommen willst?).