Also die PHP Version ist up to date, die Apache Version ist leider nicht aufgelistet. Das ganze läuft auf nem Linux Server. Daher ist eine Infektion mit dem Blaster Wurm schonmal ausgeschlossen und die Infektion mit einem Trojaner schon mal nicht wirklich wahrscheinlich.
Eine Möglichkeit die mir gerade einfällt, wie diese Dateien in Deine Verzeichnisse kommen, wäre die, dass Du die Schreibrechte für Deine Verzeichnisse falsch gesetzt hast.
Schau doch mal im FTP Programm ob irgend ein Verzeichnis unter "chmod" die Rechte "777" besitzt. Wenn ja, dann ist dies eine riesige Sicherheitslücke. Die Rechte sollten daher von Dir zu min "755" abgeschwächt werden.