Professionell würde das in etwa so aussehen:
1. UserListe
2. GruppenListe - in der werden User in Gruppen zusammen gefasst
3. RechteObjekt - hier können pro Ordner/Datei oder was auch immer Rechte auf Gruppen oder auch einzelne User vergeben werden.
Dann kannste es so schreiben, dass pro Ordner/Datei einfach ausgewählt werden kann, welcher User/Gruppe darauf Leserechte bekommt.
Soweit erstmal zur Theorie
Ich habe selbst keine Erfahrungen mit PHP - da ich eigentlich ASP/ASP.NET Seiten entwickle. Das obere System habe ich schon einmal in einer WebApplikation abgebildet.
Das Problem bei ASP.NET ist, dass Standardmässig das DOTNET Framework nur den Zugriff auf *.ASPX, *.config und ein paar weitere ASP.NET spezifische Dateien regelt. Zugriffe auf *.jpg, *.doc, *.pdf usw. werden ohne weitere Prüfung durchgelassen.
Das ganze muss man dann extra im IIS konfigurieren. Alternativ kann man auch die Dateien in eine Datenbank schmeißen. So haben wir das gemacht - was diverse Vor und Nachteile hat - aber egal. Das dies mit nem popeligen 10€ Webseitenaccount natürlich nicht funktioniert sollte jedem klar sein.
Jetzt bin ich etwas überfragt, was per .htaccess Datei alles möglich ist. Da können Dir nur php Freaks weiter helfen.