Tool: gibt es einige, von OOo über MS Visio bis IBM Rational Rose(?), Ich würd dir mal
Omondo ans Herz legen. Kostenlos (die free edition) und eingier maßen gut in eine IDE integriert.
IDE: Eclipse ist offen und mit für fast allem mit Plugins ausrüstbar, Netbeans hat schon ne menge integriert, aber darüber hinaus - keine Ahnung.
Aufgrund meiner Anstellung benutze ich Eclipse für fast alles, sei es J2EE, Java, Java + GUI, Perl, PHP, IBM TPM Workflowentwicklung, XML Editor, CVS / Subversion client.
Guck dir einfach mal beide an und nimm für den Anfang was dir besser gefällt.
Gruß
tele