Ich benutze zwar kein Netbeans, aber die IDEs kommen schnell aus dem Tritt, wenn man am Projektverzeichnis irgendwas manuell löscht/ändert.
Dein Verhalten kann nur davon kommen, dass die class-Datei nicht neu generiert wurde. Vielleicht hast du bei dir kein automatisches Build aktiviert und es wurde nur beim allerersten Versuch eine Class-Datei erstellt?
Was passiert, wenn du den "Play"-Button in deiner IDE klickst, ist relativ weit konfigurierbar.
Meine Sternchen hier sagen übrigens recht wenig über mein Java-Können aus
Nur soviel, ich verdiene mein Geld mit programmieren ua. Java.
Edit:
Prüfe am besten das Datum von deiner Class Datei. Wenn sich das nicht ändert, wird die Datei auch nicht neu erstellt. Kannst ja im Netbeans mal nach "Build automatically" oder ähnliches ausschau halten. In deutsch müsste es sowas wie "Automatisches Erstellen" heißen.