In den PCIe Slot kannst du stecken was du möchtest. Die x16 Ausführung ermöglicht natürlich physikalisch den Einsatz einer dezidierten Graka, aber du kannst da auch jede andere PCIe x4 oder x1 Karte reinstecken.
Matroska MKV geht auch über die GPU. Allerdings weiss ich da nur vom den MediaPlayer Classic. Das Problem mit UVD und AFAIK auch PureVideo ist, dass sie eigentlich nur beschleunigen, was Drittanbieter so ermöglichen, also z.B. Cyberlink.
Irgendwas ist derzeit auch ganz groß bei ATI und NVIDIA bezüglich der ArcSoft Media Center Software, aber da hab ich mich noch nicht eingelesen. Ich glaub aber da gehts hauptsächlich um Post-Processing... wie gesagt k.A. ^^
Accelerate x.264 1080p movies over the GPU Guide
Gute Lektüre zu Media Player Classic und MKVs
Ich weiss nicht, ob es inzwischen einen allgemeinen Codec für Matroska über UVD oder PureVideo gibt. Im Zweifelsfall müsste man halt damit Leben, zwischen MP Classic und DVBViewer hin- und her zu schalten.
Wobei ich das persönlich bei einem HTPC für sehr ärgerlich und umständlich halte.
Was den MacMini angeht: Klar kann der auch FullHD, aber eben nur über die IGP. Selbst ein 2,26 GHz C2D dürfte da bei FullHD Decoding absolut an seine Grenzen stoßen.
LG
EDIT:
Ich bin ein Freund von Netzteilen die noch ein wenig Luft haben. ^^ Kühler sollte in beide reinpassen. Bei der Höhe kannst du inkl. Board-Abstandhalter bis Oberkante CPU-Heatspreader etwa mit 2,5 - 3 cm rechnen.