Nein Nachteile im Sinne von Komponentenleistung sicher nicht. Ausser es wollen zwei Treiber mal nicht zusammen, aber sowas gibts de Facto eigentlich nicht mehr.
Es sind auch mögliche Boni wie gratis Software oder Technologien, die man von einem Hersteller bekommen kann, wenn man (s)ein entsprechendes Produkt kauft (Board & Graka in erster Linie):
AMD: Overdrive, Fusion Media Explorer, Video Converter, Eyefinity etc.
NVIDIA: PhysX, 3D Vision etc.
Intel: Fällt mir ehrlich gesagt jetzt nix Großes ein, gibts aber sicher auch was.
LG