Die (zweimal) vier Anschlüsse bei intern anzuschließenden USB-Geräte sind - mit extrem seltener Ausnahme spezieller OEM-Wurschteleien - belegt mit Spannung/Data +/Data -/Ground. Der fünfte Pin in einer der beiden Reihen auf dem Mainboard zusammen mit dem freien Platz ist ein Verpolungsschutz, da dadurch die Symmetrie aufgehoben wird.
In deinem konkreten Fall ist es so, dass der ganze rechte und er ganz linke Pin freibleiben und die Spannung rechts anliegt. Ist der Stecker des Cardreaders evtl. beschriftet? Ansonsten könntest du nur raten, und das wirst du wohl nicht wollen, sonst hättest du hier nicht gefragt