Hi,
irgendwie mächtiger Kuddelmuddel was du schreibst. Warenwirtschaftssysteme/Abrechnungssoftware gibt es eigentlich fix und fertig. SAP würde ich mal ab 250 Mitarbeitern aufwärts und einem hohen 6-stelligem Einführungsbudget in Betracht ziehen

.
Wenn man unbedingt was selber programmieren will sollte eine Web-Frontent mit PHP/SQL oder eine kleine Access-Applikation ein guter Anfang sein. Mit der Spezifikation ist es aber absolut unmöglich Tips zu geben.
Ciao MoB