Moin moin, was für ein Tool benutzt Du zum klonen? Auch würde ich Dir abraten beide aktive Platten gleichzeitig im System zu haben, das führt manchmal zu einem zerschossenen Bootloader. Du kannst versuchen mit einer Live-CD die Partition zu klonen
Clonezilla, Download bei heise, oder die Bootpartition zu reparieren
Zerstörten Bootloader von Windows 7 reparieren - Tipp für Windows 7 | TecChannel.de. Aus Erfahrung heraus ist es besser beim Wechsel auf SSD das System neu zu installieren. So hast Du ein frisches Windows was perfekt auf die SSD abgestimmt ist.