Man kann Windows ohne Scandisk installieren. Fall es nicht mit den Standard Setupoptionen möglich ist, Scandisk zu beseitigen, nimmt man das Tool 98lite (für win98, 98Se, Millenium) und baut die Optionen aus. Danach kann man Scandisk komplett entfernen, die zweite defekte Platte ranhängen und experimentieren. Siehe:
http://www.medienarchiv.com/Service/windowstuning.htm