Das hast du richtig erkannt, die Autoexec.bat ist eine Datei aus alten DOS Zeiten.
Wenn du heraus bekommen kannst, welche Einträge das sind, die dort geladen werden müssen, kannst du diese auch versuchen manuell auszuführen.
Aber eigentlich sollte es dem Programm möglich sein die Einträge zu machen, denn die besagte Datei gibt es noch.
Es ist eine Versteckte Systemdatei (In den ordneroptionen -> ANsicht: "Versteckte Dateien Anzeigen" markieren und "Geschützte Systemdateien ausblenden" entmarkieren) auf deinem Systemlaufwerk (in aller Regel C