Naja also bei einigen Boards gibts halt nur IDE-Controller 1 & 2, heut zu tage steigen aber immer mehr auf zusätzliche Raid-Controller um.
An einen IDE-Controller kannst du zwei IDE Geräte anschließen, da würd ich in diesem Falle die beiden verschieden Platten an IDE1 und die beiden Laufwerke an IDE2 stecken. Die beiden gleichen Platten würd ich unbedingt an RAID stecken. Ein zusätzlicher Raid-Controller in Form einer PCI-Karte kostet nicht die Welt.
DIESER HIER VIELLEICHT?! Der bietet auf jeden Fall genug Performance um deine beiden Platten so richtig flott zu machen. Der Geschwindigkeitsvorteil kann sich wirklich sehen lassen. Informationen zu RAID Anschlussmöglichkeiten sollten leicht zu finden sein, ansonsten einfach nochmal nachfragen.