Ich bin nicht sicher, ob ich dein Problem richtig verstanden habe...
Treten diese Aussetzer nur bei einigen wenigen bestimmten MP3-Stücken auf oder regelmäßig?
Im ersteren Fall würde ich vermuten, dass diese MP3s - auch wenn sie fehlerfrei abgespielt werden - irgendwie seltsam/falsch bzw. nicht Standard-konform encodiert wurden und deshalb bei der Umwandlung ins CDA-Format Probleme machen.
Wenn ich damit richtig liegen könnte, versuch doch als kleines Experiment mal, sie in ein drittes anderes Format umzuwandeln, z.B. WMA oder OGG oder was es da so gibt (bin kein Experte in dem Bereich). Gibt es dann auch Probleme, bestätigt das die Theorie.
(Gibt es dabei keine Probleme, bist du genau so schlau wie vorher... 
)