Nein, kuputt gehen wird vom runtertakten sicher nichts, solange Du der CPU nicht aus Versehen mal zu viel Saft verordnest.
Dass gerade in Deinem Fall beim runtertakten dieses Phänomen auftritt, könnte an Folgendem liegen:
Die Spannung die Du einstellst begünstigt irgendwo auf Deinem Mainboard ein Magnetfeld, wodurch ein Bauteil in Schwingung versetzt wird. Das kannst Du dann hören...
Sicher bin ich mir ned, aber immerhin sind's meine 2 cents
