Es spricht nichts gegen eine NTFS-Formatierung, solange Du nicht mit Betriebssystemen auf die Platte zugreifen möchtest, die keine NTFS-Unterstützung bieten.
Probleme sehe ich keine auf Dich zukommen; sollte keine Formatierung möglich sein aufgrund vorhandener Daten auf der Platte kannst Du übrigens auch konvertieren, siehe hier:
http://www.microsoft.com/technet/pro...onvertfat.mspx
greetz