Also ich hab die selbe GraKa, aber nur einen Stecker dran...
Ist aber halt schon eine Weile her, als ich die eingebaut habe.
Dann wird es wohl so sein, dass die Hersteller sich dabei folgendes Gedacht haben:
GraKa = hoher Stromverbrauch:
-> Ein Stecker reicht bei guten Netzteilen.
-> Schlechtere Netzteile, die auf den einzelnen Leitungen eine nicht so gute Stabilität aufweisen, bekommen die Möglichkeit die erste Leitung zu entlasten, indem man einfach die zweite (über einen Y-Stecker) noch mit als Unterstützung ranhängen kann, Hierdurch wird dann eine gleichmäßiger und stabiler Stromfluss gewährleistet...

Du musst also nicht gezwungenermaßen, den zweiten Stecker mitbenutzen...
Ich habe z.B. eine Leitung nur für die GraKa. An meiner zweiten hängen die 2 HDD's und ein DVD-Brenner... damit bekommt alles genug Strom.
MFG!