Das beste ist eine eigene kleine Partition nur für Windows, dann eine kleine Partition nur für Swap und Temp und auf den Rest dann die Programme und Daten.
Meine C-Partition ist z.B. 6 GB groß und noch 3,7 GB frei.
Ein gutes, kostenloses Defrag, das auch mit rel. vollen Partitionen klar kommt ist
JkDefrag v3.34
Besonderes Feature: ruft man es mit der Option -a2 auf, werden nur die fragmentierten Dateien defragmentiert, nicht aber, wie bei allen anderen, die komplette Festplatte umgekrempelt, um irgendwas zu "optimieren". Das ist wesentlich schneller. Wenn sich nicht viel getan hat, sind alle Partitionen in ein paar Sek. durch.
Meine Empfehlung: Das erste Mal JkDefrag ohne Optionen, damit erst mal alles auf eine Linie gebracht wird, danach regelmäßig mit -a2.
Ohne Optionen kannst du es dann alle paar Monate, oder so, wieder laufen lassen.