Zu 1.): Wenn es Aktivboxen sind, gehören sie an den Line-Out, wenn es Passivboxen sind, dann an den Speaker Out.
Zu 2.): Der 2 Pin Speaker Anschluss ist für einen kleinen Signallautsprecher gedacht (das Ding, das beim Booten das "beep" von sich gibt), Boxen zur Soundwiedergabe kannst du da nicht anschließen.
Für die im Case verbauten Boxen musst du die unter 1.) genannten Ausgänge nutzen. Wenn die Boxen passiv sind (also nicht über eine eigene Stromversorgung verfügen), dann gehören sie an den Speaker Out.
Zu 3.) Nein, das solltest du tunlichst lassen. Der Verstärker frisst alleine
72 Watt, das macht dein 200 Watt Netzteil mit ziemlicher Sicherheit nicht mit.
LG