Funktionieren und booten sind zwei verschiedene Paar Stiefel, wie Du ja bereits schon gemerkt hast.
Wenn sich mit den Mobo-BIOS Einstellungen "Boot from RAID/SCSI" bzw. "Boot from CD-ROM" nichts machen läßt hast Du schlechte Karten. Man könnte höchstens noch versuchen ein Mobo- bzw. RAID-BIOS-Update zu machen.
Wenn das nicht hilft und es Dir tatsächlich ums Booten (und nnicht um DOS-Zugriff) geht wird Dir eine Startdiskette auch nicht helfen.