Deine Überlegungen sehen nicht verkehrt aus. Überschneidet sich ja auch recht stark mit meinen Empfehlungen.
Prinzipiell würde ich ja zu einem ITX System tendieren, doch alleine das Mainboard kostet dann 30 € mehr. Siehe meine Liste.
Aber gäbe auch dort schicke Gehäuse, welche hohe Kühler zulassen:
Antec ISK 600, Mini-ITX (0761345-15165-
Preisvergleich | geizhals.eu EU
Gibt aber auch für µATX Mainboards (wie deins) ganz schicke Gehäuse:
Cooltek C3 schwarz (JB C3 K) Preisvergleich | geizhals.eu EU
Dein Vorhaben mit einem Holzbrett mag zwar cool aussehen, aber so ein Projekt kostet auch immer Geld. Irgendwie muss das Board ja aufs Brett kommen und die anderen Komponenten auch.
Dein altes Netzteil würde ich an deiner Stelle erst mal im System verbauen und schauen wie es sich macht. Aber wenn das noch läuft und leise ist, why not. Das Geld vom neuen Netzteil musst du durch den höheren Wirkungsgrad erst mal rein bekommen. Der Break-Even wird vermutlich in ein paar Jahren sein.
Alles in allem, passt dein System ziemlich gut. Schneller RAM zur APU, SSD, großer/leiser Kühler. Nur das gĺänzende Gehäuse würde ich mir an deiner Stelle wegen Reflexionen nochmals überlegen.
Beste Grüße
Legion