Wenn Du
imap nutzt, werden Dir im Prinzip die Emails Deines Postfaches angezeigt, aber nicht tatsächlich runtergeladen.
Das heisst, Du öffnest die Emails auf dem Server, nicht lokal auf dem Rechner.
Das hat den riesengroßen Vorteil, dass auf jedem Rechner, mit dem Du auf dieses imap Konto zugreifst, das Postfach immer gleich aussieht - weil es immer gleich ist, es wird ja nichts heruntergeladen. In etwa so, als wenn Du Dich über das Webinterface (Browser) einloggst.
So wie EoN schon sagt, erschlägt das Dein Problem sehr genau.
Edit: Anleitung bei freenet zur Einrichtung imap / Thunderbird
Anleitung