Solche Pausen kenne ich nur beim überlasteten FireFox, also z.B. über 50 komplexe
Seiten gleichzeitig geladen, oder wenn Nero sich schwer tut zahlreiche kleine Files
erstmal zu erfassen.
Vielleicht hast du ja doch noch nen Trojaner oder Reste davon aktiv.
Im Post
dort werden
ProcessExplorer und
FileMon zur Fehleranalyse empfohlen,
vielleicht auch hier noch eine Möglichkeit.
Dann gibt es diverse Tasks uner Windows XP die versuchsweise deaktiviert werden können,
wichtig ist dann eine gute Dokumentation. Also aufschreiben, ggf. print-Screen, was
vorher wie eingestellt war, um die nötigen Tasks nach dem Test wieder richtig
einzustellen.
Funk Maus+Tastatur durch Kabelmodelle zu ersetzen ist m.E. ein einfacher und, wenn du
die nötigen Teile eh verfügbar hast, schneller und kostenloser Test, auch wenn es
wie du schreibst sehr wahrschienlich nicht die Ursache für die Probs ist.
CPU-throtteling wird es vmtl. auch nicht sein, trotzdem würde ich vorsorglich mal die
CPU-Temperaturen und die Bioseinstellungen anschauen, vielleicht noch HDsmart
auslesen.
Vielleicht hast du auch den automatischen Plattenindex oder was ähnliches irgendwie
schlecht eingestellt laufen, oder Fehler im ACPI. Notfalls könntest du auch Windows
neu installieren.