Ich würde wahrscheinlich eher Gigabyte als MSI nehmen, aber letztlich sind die meisten Mainboardhersteller wohl so gut, dass es eher im Detail auf das jeweilige Produkt und den speziellen Einsatzzweck, oder die übrige Hardware, ankommt.
Passt die Grafikarte gut drauf, wird irgendwas verdeckt, sind alle Anschlüsse passend und erreichbar. Gibt es schon Erfahrungsberichte, ist die Biospflege ok, werden die Spannungswandler im Verbindung mit dem gewünschten CPU-Kühler gut genug gekühlt. Oder ob die eSata-6 und die USB-3 Anschlüsse wirklich schon serienreif sind, was ich erstmal unterstellen würde, aber auch gerne in Tests bestätigt sehen würde.
Ob bei den Gigabytes ein neuerer Chipsatz z.B. ein paar Prozentchen mehr Grafik- oder Speicherperformance rausholt, das läßt sich vielleicht googeln.
Hier gibts auch noch etwas über die Boards.